El este de la Florida española presentaba problemas para los Estados Unidos por diversas razones:

  • España estaba aliada a Gran Bretaña en la guerra contra Napoleón Bonaparte. A medida que crecían las tensiones entre los Estados Unidos y Gran Bretaña, los americanos temían que Gran Bretaña usase al este de Florida en sus planes contra los Estados Unidos.
  • Los negros libres del este de Florida que cargaban armas de fuego tenían atemorizados a los dueños de esclavos americanos.
  • En el puerto español de Fernandina, los españoles autorizaban a los comerciantes americanos a desviar el embargo de los Estados Unidos y descargar el cargamento en el este de Florida, para luego transportar la mercancía legalmente a los Estados Unidos.
  • Esclavos africanos llegaron a la Isla Amelia para ser entrados de contrabando en los Estados Unidos, después de la ley de 1807, en que los Estados Unidos prohibía la entrada de nuevos esclavos.

El presidente James Madison, en un principio, apoyaba la acción armada en contra del este de Florida, aunque en 1795 una invasión similar había fracasado. El 12 de mayo de 1812 el General George Mathews dirigió un ejército privado de georgianos, que se llamaron así mismos "patriotas", a través del Rio Santa Maria (St. Marys River) para tomar control del este de Florida y los seminoles y sus aliados negros entraron en el conflicto del lado de los españoles. La opinión pública de los Estados Unidos, eventualmente forzó a Madison, a retirarle el apoyo oficial a la aventura de los "patriotas" a finales del mes de abril, sin embargo, los invasores no se marcharon del este de Florida.

Los "patriotas" capturaron primero a Fernandina y su puerto en la Isla Amelia, avanzando después a través de lo que es hoy el Canal Intracostero hacia el sur, hasta el área de Daytona Beach, quemando las cosechas, las edificaciones y apoderándose del ganado.

Las familias de los agricultores y hacendados huyeron al interior de los Estados Unidos o a San Agustín aumentando la población al doble. Aunque los "patriotas" rodearon a San Agustín no la atacaron por temor al cañon montado en el Castillo de San Marcos, la antigua fortaleza española. Mientras que la mayoría de los esclavos permanecieron en las plantaciones, otros huyeron uniéndose a los seminoles y los demás fueron capturados por los invasores de Georgia.

Hacia el verano los Estados Unidos le declararon la guerra a Gran Bretaña dando comienzo a la "Guerra del 1812". Los "patriotas" desviaron su atención de la zona costera hacia el interior de las tierras ocupadas por los seminoles en el área de Gainesville. Dos años después de la incursión, los "patriotas" se retiraron de la colonia, que seguía siendo española. Aunque la invasión fue un fracaso, la ocupación de los "patriotas" interrumpió el poder de los seminoles que habitaban al este del río Suwannee.

"La Guerra Patriota" devastó el campo del norte de Florida. El juez Isaac Bronson declaró "que todas las poblaciones de las provincias estaban en un estado absoluto de ruina y desolación." Muchos propietarios de casas que se habían quedado después de la destrucción causada por la invasión de 1795, abandonaron la colonia con gran disgusto y desaliento. En los años que siguieron los floridanos que sobrevivieron "La Guerra Patriota" hablaban de las "pérdidas del 1812 y 1813."